Setelah lebih dari empat ratus tahun perang antara prajurit Shinobi dari Koga Manjidani dan Iga Tsubagakure marga,Hattori Hanzou Memutuskan bahwa mereka harus hidup dalam damai.Kedua klan hidup tersembunyi di hutan dan gunung tanpa konfrontasi dan tanpa ninjas pelatihan dalam seni bayangan Shinobi.Pada tahun 1614, Hattori Hanzou yakin bahwa klan adalah ancaman berbahaya untuk menjaga perdamaian, dan berencana untuk menghancurkan prajurit terbaik mereka dalam kontes.Sementara itu, Iga Oboro muda dan Koga Gennesuke jatuh cinta untuk satu sama lain.Ketika nenek Oboro dan pemimpin klan Iga Ogen dan ayah Gennesuke dan pemimpin klan Koga Danjo membunuh satu sama lain, Oboro dan Gannesuke harus memimpin prajurit mereka dalam pertempuran akhir dari klan shinobi.
Shinobi adalah drama yang menceritakan perang antara dua klan ninja di awal era Tokugawa.Dalam film, Nakama Yukie sebagai Oboro, cucu dari Ogen (Lily), ibu pemimpin klan Iga, sedangkan Odagiri Jo memainkan Gennosuke, putra dari Danjo Koga (Minoru Terada), pemimpin klan Koga yang kuat.Meskipun tinggal jauh di dalam pegunungan, dua klan ninja telah mengasah kemampuan mereka ke tingkat manusia super.Sayangnya, klan tidak cocok dan dilarang oleh dekrit kaisar dari berbagi teknik mereka satu sama lain.Melihat dua klan ninja sebagai ancaman terhadap skema untuk dominasi total, Nankobo jahat Tenkai (Ishibashi Renji) Nakobo menciptakan sebuah kontes di mana klan dipaksa memilih lima prajurit terbaik mereka untuk berpartisipasi.Pertempuran Namun, bukan hanya kontes ramah - itu duel sampai mati.
